設定1 艦娘上位組織図

本作において艦娘たちが所属する組織図の案とレイヴンの火√後にルビコン3（ISB2262）から地球へ密航後のC4-621落ち着き先

約半世紀前に勃発した木星戦争を契機に小国以上の規模まで巨大化した企業が蜂起した事によって統治能力を失い無政府状態の末、瓦解した旧地球政府だったが、この状況を憂慮した地球内企業アナハイムエレクトロニクスホールディングス社、サナリィ等を主とした産業界の支援を受け、旧政府関係者と企業勢力へ抵抗を続ける勢力を糾合し発足した政府再建委員会によって太陽系内の敵性企業をほぼ掃討ないし管理下に置かれベイラムグループ、アーキバスグループ等は太陽系外に本社機能を移転。
その後、太陽系外の有人惑星を管理する宇宙政府、無政府状態の間に企業が構築した経済圏占領後に設置した各星系の自治政府を加盟国とし地球連邦政府を頂点に新秩序が発足し連邦政府の首班をオオタカ、太陽系を地球連邦政府の直轄地とした。首都は地球の衛星である月に播種船を内包する形で建設された月面都市「凍京」

内政が安定した後に企業による紛争の火種になりうる資源等を内包する天体を封鎖・隔離を行う為、宇宙政府の元に治安維持を任務とする法執行機関として惑星封鎖機構が発足。
地球連邦政府内の官庁、シンクタンクより提供された情報を元にＡＩが組織を統括するが、ルビコン3において２度目の災禍を阻止する出来なかった。
レイヴンの火以降、予めハンドラー・ウォルターによって用意された偽装身分と逃走ルートでC4-621は地球へ潜伏した。

621が地球へ潜伏した時を同じくして地球人類によるテラフォーミングを始めとした惑星改造等の環境破壊に強固に反対し地球の欧州内でテロ行為を散発的に行う敵性企業ブルーコスモスが太平洋内に放った深海棲艦と呼称される存在により地球圏は再び戦火にさらされる。

深海棲艦と呼称される存在は、地球外の天体を起源とする知性をもった存在である外星人より、企業へ提供された物で本来、外星人間による星間戦争の為に開発されていた次世代型局地制圧用生物兵器の一種である。
提供した主な目的は地球圏を次世代兵器実験の場として目を付けた為であり、他にも地球圏の外宇宙進出とそれに伴う企業の小競り合いによって銀河系に保有する権益が今後荒らされる可能性を排除する為に本星を間接的に攻撃して外宇宙開発を頓挫させる思惑もあった。

当初は連邦軍(複数の軍種を指揮する部隊単位である統合軍と宇宙軍の総称)が対処していたが、高い治癒再生能力と無尽蔵と思われる繁殖能力を有する深海棲艦を相手に殲滅は困難を極めた。

苦慮する地球に手を差し伸べたのは深海棲艦を提供した外星人勢力と敵対関係にある他天体からの来訪者であった。
政府は来訪者と条約を締結し見返りに得られた技術を元に志願した生身の人間に一種の強化手術を施し誕生したのが艦娘である。
ただしある程度の適正が必要な為に充分な数を揃えられず、限られた戦力を効率的に運用するべく連邦軍内に新たな所管部署を設置した。
また艦娘の作戦を支える為、統合軍より戦力を抽出した支援機構を設立。

621は地球に潜伏する際に「ある人物」の計らいで身元を保証され市民権と職を得て静かに闘争とは無縁な生活を送ろうとしていたが、深海棲艦の台頭で戦禍に巻き込まれてしまう。
その際、621は再び独立傭兵として連邦軍隷下の部隊である環太平洋防衛機構と専従契約して仕事をして欲しいと頼まれ承諾。

ある人物とは太平洋方面の艦娘作戦支援を担当する環太平洋防衛機構の司令を勤め、G1ミシガンの従兄弟にあたり、ハンドラー・ウォルターの知己でもある。
ミシガンとウォルター双方とは生前、交流を続けており、互いの近況報告で621を知り興味を示していた為、地球への密航を手引きした。